Здравствуйте, Елена!

С моей точки зрения, возможны следующие варианты.

Если стройка продлится меньше 6 месяцев, то учитывая срок установленный в ч.2 ст. 69.2 Федерального закона от 10.01.2002 N 7-ФЗ "Об охране окружающей среды", думаю можно будет попробовать не подавать заявку, но тогда встанет вопрос как вносить плату за те же выбросы и размещение отходов от строительства, потому что от платы освобождены исключительно объекты негативного воздействия IV категории.

В соответствии с ч.1 и 2 ст. 69.2 ФЗ № 7 постановка на государственный учет объектов, оказывающих НВОС, осуществляется на основании заявки о постановке на государственный учет, которая подается юридическими лицами или индивидуальными предпринимателями, осуществляющими хозяйственную и (или) иную деятельность на указанных объектах, не позднее чем в течение 6 месяцев со дня начала эксплуатации указанных объектов.

Полагаю Вы не самостоятельно будете строить объект, а привлечете для этого соответствующего подрядчика, и в общем порядке именно он должен ставить на учет данный объект.

При этом, т.к. речь идет о строительстве структурного подразделения на территории действующего объекта негативного воздействия, то в принципе это можно представить как реконструкцию объекта (целесообразно по согласованию с соответствующим органом исполнительной власти), тогда возможно провести актуализацию сведений объекте на основании ч.6 ст. 69.2 ФЗ № 7 (изменение характеристик источников загрязнения атмосферы) и добавить туда соответствующие источники выбросов от стройки, однако, надо понимать, что в этом случае Вам придется вносить правки в программу производственного экологического контроля, пересматривать НООЛР, пересматривать нормативы допустимых выбросов, подавать заново декларацию. При этом после окончания строительства снова необходимо будет проводить актуализацию.