Здравствуйте, Юлия!

Согласно п. 7. ст. 16.4 Федерального закона от 10.01.2002 N 7-ФЗ "Об охране окружающей среды" несвоевременное или неполное внесение платы за негативное воздействие на окружающую среду лицами, обязанными вносить плату, в том числе квартальных авансовых платежей, влечет за собой уплату пеней в размере одной трехсотой ключевой ставки Банка России, действующей на день уплаты пеней, но не более чем в размере двух десятых процента за каждый день просрочки. Пени начисляются за каждый календарный день просрочки исполнения обязанности по внесению платы за негативное воздействие на окружающую среду, в том числе квартальных авансовых платежей, начиная со следующего дня после дня окончания соответствующего срока, определенного пунктами 3 и 4 настоящей статьи.

Пеню можете сами посчитать хоть сейчас, ни чем и ни как не регламентировано, просто РПН может в суд пойти взыскивать, она вноситься отдельным платежом на соответствующий КБК:

048 1 12 01010 01 2100 120 - Пени за несвоевременное и неполное внесение платы за выбросы загрязняющих веществ в атмосферный воздух стационарными объектами
048 1 12 01030 01 2100 120 - Пени за несвоевременное и неполное внесение платы за сбросы загрязняющих веществ в водные объекты
048 1 12 01041 01 2100 120 - Пени за несвоевременное и неполное внесение платы за размещение отходов производства

048 1 12 01042 01 2100 120 - Пени за несвоевременное и неполное внесение платы за размещение твердых коммунальных отходов

Ссылки на калькуляторы в файле.