Согласно п.1 ст. 69.2 № 7-ФЗ «Объекты, оказывающие негативное воздействие на окружающую среду и согласно критериям, установленным в соответствии со статьей 4.2 настоящего Федерального закона, относящиеся к объектам I - III категорий, подлежат постановке на государственный учет юридическими лицами и индивидуальными предпринимателями, осуществляющими хозяйственную и (или) иную деятельность на указанных объектах, в уполномоченном Правительством Российской Федерации федеральном органе исполнительной власти…».

Таким образом, поставив объект строительства на учет, Заказчик заявляет, что он осуществляет эту деятельность.

В соответствии со ст. 16 № 7-ФЗ плата за негативное воздействие на окружающую среду взимается за следующие его виды:

• выбросы загрязняющих веществ в атмосферный воздух стационарными источниками (далее - выбросы загрязняющих веществ);
• сбросы загрязняющих веществ в водные объекты (далее - сбросы загрязняющих веществ);
• хранение, захоронение отходов производства и потребления (размещение отходов).

Статья 16.1. № 7-ФЗ говорит о том, что плату вносят юридические лица и индивидуальные предприниматели, осуществляющие хозяйственную и (или) иную деятельность, оказывающую негативное воздействие на окружающую среду, а при размещении отходов, за исключением твердых коммунальных отходов, плательщиками платы за негативное воздействие на окружающую среду являются юридические лица и индивидуальные предприниматели, при осуществлении которыми хозяйственной и (или) иной деятельности образовались отходы.

Исходя из вышеизложенного, получается, что вносить плату за все виды НВОС от объекта строительства должен Заказчик.

В случае, если Заказчик принимает решение, что все требования в области охраны ОС при производстве СМР выполняет подрядчик, то в договоре СМР полностью прописывает все эти требования, в противном случае Заказчик сам исполняет все требования по постановке объекта на учет, по составлению и ведению документации (паспорта отходов, журнал учета отходов и т.д.), подачи отчетности и внесению платы за НВОС.

В Вашем случае, подрядчик никак не сможет внести плату за НВОС, так как у него нет объекта НВОС, тут я вижу только один вариант, внести изменения в договор СМР в части внесения платы за НВОС, то есть снять эту обязанность с подрядчика.