Добрый день, уважаемый Алексей.

Вынуждена констатировать, что в указанной ситуации, в первую очередь, существует риск приостановления действия лицензии в связи с отсутствием лицензиата по месту осуществления деятельности или фактическим неосуществлением лицензиатам лицензируемого вида деятельности.

При этом стоит отметить, что постановка "объекта" на государственный учет, на самом деле, не влияет принципиально на наличие/отсутствие риска и не решает проблему, если лицензирующему органу известно, по определенному адресу места осуществления деятельности лицензируемый вид деятельности не осуществляется.

Так, в соответствии с ч. 1.1 ст. 20 ФЗ "О лицензировании отдельных видов деятельности":

в случае, предусмотренном пунктом 5 части 1 настоящей статьи, действие лицензии приостанавливается в связи с отсутствием лицензиата по месту осуществления лицензируемого вида деятельности, либо в связи с фактическим неосуществлением лицензиатом лицензируемого вида деятельности, либо в связи с иными действиями (бездействием) лицензиата, повлекшими за собой невозможность проведения в отношении лицензиата периодического подтверждения соответствия лицензионным требованиям, контрольных (надзорных) мероприятий.

Согласно п. 5 ч. 1 ст. 20 Федерального закона:
действие лицензии приостанавливается лицензирующим органом в следующих случаях:
<...>;
5) невозможность проведения в отношении лицензиата периодического подтверждения соответствия лицензионным требованиям после подачи в лицензирующий орган заявления о периодическом подтверждении соответствия лицензионным требованиям, а также невозможность проведения в соответствии с законодательством о государственном контроле (надзоре) и муниципальном контроле в Российской Федерации контрольных (надзорных) мероприятий, в ходе которых проверяется соответствие лицензиата лицензионным требованиям;
<...>.

При этом на основании ч. 1.2 ст. 20 ФЗ "О лицензировании отдельных видов деятельности":
действие лицензии может быть приостановлено в отношении всех предусмотренных лицензией работ, услуг, составляющих лицензируемый вид деятельности, или в отношении отдельных предусмотренных лицензией работ, услуг, составляющих лицензируемый вид деятельности. В случае, если лицензиат осуществляет лицензируемый вид деятельности в нескольких местах, действие лицензии также может быть приостановлено в отношении выполняемых работ, оказываемых услуг по одному месту или выполняемых работ, оказываемых услуг по нескольким местам. Критерии принятия лицензирующим органом предусмотренного настоящей частью решения о приостановлении действия лицензии могут быть установлены положением о лицензировании конкретного вида деятельности.

________________________________________________________

Дополнительно (касательно постановки объекта на госучет) отмечу, что необходимость постановки объекта на госучет напрямую связана с началом "эксплуатации" такого объекта.

Как известно, в соответствии с п. 2 ст. 69.2 ФЗ "Об охране окружающей среды":
постановка на государственный учет объектов, оказывающих негативное воздействие на окружающую среду, осуществляется на основании заявки о постановке на государственный учет, которая подается юридическими лицами или индивидуальными предпринимателями не позднее чем в течение шести месяцев со дня начала эксплуатации указанных объектов.

Таким образом, в отношении объекта, эксплуатация которого не началась, обязанность подачи заявки о постановки на государственный учет такого объекта не возникает.
Разумеется, в данном вопросе мы учитываем, что объекта НВОС, как такового не существует (если я правильно поняла, есть земельный участок, на котором может осуществляться деятельность). Здесь я подчеркиваю, что даже если бы мы говорили о классическом объекте НВОС, то обязанность по постановке его на государственный учет возникает у природопользователя со дня начала эксплуатации (на что отводится 6 месяцев).
В то же время признание хозяйствующим субъектом факта неосуществления деятельности на объекте возвращает нас к началу данного ответа. Хотя я повторюсь: лицензирующему органу может стать известно о том, что лицензиат фактически не осуществляет деятельность по адресу, не только со слов самого лицензиата и не столько из-за постановки или непостановки объекта на госучет.