Здравствуйте, Елена!

Если не вдаваться в тонкости законодательства о недрах, в т.ч. потому что я не знаю, что именно является предметом аренды и какую именно деятельность осуществляет арендатор, а какую Вы, то в теории, конечно Вы можете закрепить за арендатором, что он самостоятельно отвечает за все свои источники выбросов, при этом он должен будет выполнять соответствующие требования по инвентаризации и постановке на гос. учёт (п. 2 ст. 616 "Гражданского кодекса Российской Федерации (часть вторая)" от 26.01.1996 N 14-ФЗ ст. 69.2 Федерального закона от 10.01.2002 N 7-ФЗ "Об охране окружающей среды", Критерии отнесения объектов, оказывающих негативное воздействие на окружающую среду, к объектам I, II, III и IV категорий, утв. Постановлением Правительства РФ от 31.12.2020 N 2398, имеют привязку по отраслевому признаку).

По отходам надо анализировать о каких отходо образующих процессах идёт речь, можно ли их объективно их оставить за Вами. Почти все положения Федерального закона от 24.06.1998 N 89-ФЗ "Об отходах производства и потребления" привязаны к тому хозяйствующему субъекту, в чьей деятельности образуются отходы, в том числе и внесение платы за размещение отходов, поэтому отходы конкретного специфического производства/деятельности, которую арендодатель не осуществляет, за ним объективно ни как не закрепить.

Отмечу, что ранее Минприроды в письме от 6 июня 2019 г. N 12-47/12871 высказало позицию, что на основании ст. 210 ГК РФ (часть первая) собственник несет бремя содержания принадлежащего ему имущества, если иное не предусмотрено законом или договором. Таким образом, в условиях договорных отношений между арендодателем и арендаторами обязанности по постановке на государственный учет объектов НВОС могут определяться в рамках соответствующих гражданско-правовых договоров.
Письмом Минприроды от 9 июля 2020 г. N 25-47/17005 даются следующие разъяснения по вопросам установления права собственности на отходы и распределению обязанностей при арендных отношениях, а именно: эти вопросы, так же, как и вопросы определения стороны, ответственной за исполнение обязанностей в области обращения с отходами, возложенных на образователя отходов действующим природоохранным законодательством, эти вопросы регулируются хозяйствующими субъектами в рамках договорных отношений.

Таким образом, Вы можете попробовать разграничить ответственность таким образом, чтобы за отходы отвечал арендодатель "А", тогда в договоре должно быть прописано, что все отходы, которые образуются на таком-то земельном участке (карьере) считаются отходами образованными в деятельности арендодателя организации "А", принадлежат ему на праве собственности. Арендодатель обеспечивает накопление и удаление всех отходов, образующихся при функционировании объекта, в том числе от уборки складских помещений, территории, замене ламп и т.д. Данные отходы считаются образованными от деятельности арендодателя по сдаче объекта в аренду и его содержании и удаляются арендодателем.
Арендодатель осуществляет все обязанности образователя и собственника данных отходов, предусмотренные действующим законодательством, а именно соблюдает федеральные нормы и правила и иные требования в области обращения с данными отходами, разрабатывает нормативы образования отходов (при необходимости), представляет соответствующую отчетность, вносит плату за негативное воздействие на окружающую среду при размещении данных отходов, не относящихся к твердым коммунальным отходам, и подает декларацию о плате за негативное воздействие на окружающую среду, предоставляет в установленном порядке необходимую информацию в области обращения с данными отходами по форме статистического учета № 2-ТП (отходы), ведет учет данных отходов, предусматривает места (площадки) накопления таких отходов, составляет паспорта отходов I - IV классов опасности, подает сведения в региональный кадастр отходов, заключает договор с региональным оператором на обращение с ТКО, обеспечивает их надлежащее накопление и коммерческий учет в соответствии с требованиями ст. 13.4 Федерального закона от 24.06.1998 N 89-ФЗ "Об отходах производства и потребления", Правилами обращения с твердыми коммунальными отходами, утв. Постановлением Правительства РФ от 12.11.2016 N 1156, и Правилами коммерческого учета ТКО, утв. Постановлением Правительства РФ от 03.06.2016 N 505."