1. Речь в этом пункте про вход на ЛОС и выход с ЛОС? Или только про выход с ЛОС?

Здесь речь идёт только о выходе с ЛОС, так называемый Выпуск сточных вод. На входе в ЛОС отбор проб производится 2 раза в год.

2. Показатель токсичности - это что такое?

Данное исследование проводят в лаборатории, обычно с помощью дафний. Вам по сути не нужно знать нюансов, просто найти лабораторию, которая сделает данный анализ, но если просто и кратко - методика основана на определении смертности и изменений в плодовитости дафний при воздействии токсических веществ, присутствующих в исследуемой водной среде, по сравнению с контрольной культурой в пробах, не содержащих токсических веществ.

3. В этом абзаце речь про отбор проб поверхностных вод (природная вода)?

4. Основные гидрологические фазы - это паводок и межень? Если так, то периодичность отбора проб 2 раза в год?

5. Согласно п. 9.2.2 для ОНВ 3 категории - это ежеквартально. Тогда при чем здесь гидрологические фазы водотока?

Речь идёт про исследование природных вод и самого водного объекта.

2 раза в год, в межень и паводок необходимо проводить морфометрические исследования в месте водопользования (в месте куда падает/выливается вода с Выпуска сточных вод).

Качественные показатели природных вод измеряются вместе с качественными показателями сточных вод. Т.е. 1 раз в квартал проводите исследования на вещества/микроорганизмы, указанные в вашей Программе измерения качества сточных вод или Программе наблюдения за водным объектом и его водоохранной зоной.

6. Может ли для ручья, у которого исток утерян (см. ситуацию в описании), фоновый створ быть установлен на водоприемнике (р. Волга) выше 100 м устья?

По идее, у вас должно быть 2 фоновых створа: 1ый - 100 метров выше водовыпуска, 2ой - 100 метров ниже водовыпуска. В случаях, когда имеется угроза загрязнения воды в фоновом створе посторонними источниками (например рядом с вами другое предприятие), расстояние можно изменять. Обычно, решение принимает орган, согласовывающий Программу ведения наблюдения за водным объектом и его водоохранной зоной. (Например, НЛБВУ). Створы нужны по сути для того, чтобы измерить воду без ваших стоков, а потом с ними, чтобы оценить разбавление вредных веществ и влияние их на общий фон.

7. Проверка работы ЛОС - это определение эффективности очистки, т.е. отбор и анализ проб сточных вод неочищенных (вход на ЛОС) и очищенных (выход с ЛОС)? Если так, то как на счет требований абз. 2 п. 9.2.2 (про ежеквартально)?

Проверка работы ЛОС определяется сравнением показателей проектной очистки (в паспорте на ЛОС) и фактической. Фактическая считается как отношение показателей на входе в ЛОС (те самые измерения 2 раза в год) и на выходе (то, что вы измеряете ежеквартально). Концентрация на входе * 100 / концентрация на выходе = процент очистки.

8. Фоновые концентрации по взвешенным веществам запрашивать в Росгидромете надо с какой периодичностью (к примеру, для расчета платы за НВОС, ежеквартальных форм 3.3 по Приказу МПР от 09.11.2020 N 903 "Об утверждении Порядка ведения...объема сброса сточных, в том числе дренажных, вод, их качества")?

Фоновую концентрацию можно запросить 1 раз и потом всё время использовать. Но вы и так будете измерять фоновые концентрации веществ в водном объекте - исследования веществ в створе до водовыпуска 1 раз в квартал. При желании для каждого отчёта можете использовать свежее измерение, приуроченное как раз к измерению концентраций в стоках в данный период, или ссылаться на единственное, полученное в Росгидромете.