Добрый день! Разработка, содержание проекта ПДВ на данный момент регламентируется только Рекомендациями по оформлению и содержанию проекта нормативов предельно допустимых выбросов в атмосферу (ПДВ) для предприятия 1987 г, и в них, естественно, подобные ситуации не предусмотрены. Разработка и оформление проектов ПДВ для объектов разного уровня надзора практически и формально ничем не отличается. Однако при разработке проекта ПДВ для площадок, расположенных в непосредственной близости, будет проведен общий расчет рассеивания ЗВ в атмосферном воздухе с дальнейшим общим анализом воздействия обоих объектов на окружающую среду, составлена общая ситуационная карта объектов. При проверке проекта в Росприроднадзоре в связи с тем, что у обеих площадок будет общий код ОКТМО, в случае положительного заключения будет подписан общий приказ об утверждении нормативов ПДВ для предприятия в целом и для каждой площадки в отдельности.

Согласно Постановлению Правительства РФ от 02.03.2000 N 183 (ред. от 14.07.2017) "О нормативах выбросов вредных (загрязняющих) веществ в атмосферный воздух и вредных физических воздействий на него":

9(10). [...]

Выбросы вредных (загрязняющих) веществ (за исключением радиоактивных веществ) в атмосферный воздух стационарными источниками, находящимися на объектах хозяйственной и иной деятельности, подлежащих федеральному государственному экологическому надзору, допускаются на основании разрешения, выданного территориальными органами Федеральной службы по надзору в сфере природопользования.

Разрешение на выбросы вредных (загрязняющих) веществ (за исключением радиоактивных веществ) в атмосферный воздух стационарными источниками, находящимися на объектах хозяйственной и иной деятельности, подлежащих федеральному государственному экологическому надзору, выдается одновременно с установлением нормативов предельно допустимых выбросов и временно согласованных выбросов.

[...]

Выбросы вредных (загрязняющих) веществ (за исключением радиоактивных веществ) в атмосферный воздух стационарными источниками, находящимися на объектах хозяйственной и иной деятельности, подлежащие региональному государственному экологическому надзору, допускаются на основании разрешения, выданного органами исполнительной власти субъектов Российской Федерации, осуществляющими государственное управление в области охраны окружающей среды.

Согласно Приказу Минприроды России от 25.07.2011 N 650 (ред. от 25.06.2014) "Об утверждении Административного регламента Федеральной службы по надзору в сфере природопользования по предоставлению государственной услуги по выдаче разрешений на выбросы вредных (загрязняющих) веществ в атмосферный воздух (за исключением радиоактивных веществ)":

10. Исчерпывающий перечень документов, необходимых для предоставления государственной услуги.

Для получения разрешения на выбросы хозяйствующий субъект (далее - Заявитель) представляет в территориальный орган Росприроднадзора заявление, содержащее сведения о Заявителе (наименование юридического лица, Ф.И.О. индивидуального предпринимателя, юридический и почтовый адрес, телефон, государственный регистрационный номер записи регистрации Заявителя, подтверждающий факт внесения сведений о Заявителе в единый государственный реестр юридических лиц (индивидуальных предпринимателей), идентификационный номер налогоплательщика (ИНН)), реквизиты документа, подтверждающего уплату государственной пошлины, опись представляемых материалов, сведения о местонахождении отдельных производственных площадок, с приложением следующих документов:

утвержденных в установленном порядке и действующих нормативов ПДВ и ВСВ для каждого конкретного стационарного источника выбросов вредных (загрязняющих) веществ в атмосферный воздух и хозяйствующего субъекта в целом (включая его отдельные производственные территории) или по отдельным производственным территориям;

[...]

Таким образом, для получения приказа и разрешения для одной площадки (федерального надзора) и только приказа для другой площадки (регионального надзора) необходимо будет подать один проект (возможно, в двух экземплярах) и два заявления разного вида: одно только на утверждение нормативов ПДВ, другое - на утверждение нормативов и выдачу разрешения. По второму заявлению сразу нужно оплатить государственную пошлину на выдачу разрешения на выбросы на реквизиты ТУ Росприроднадзора. Вторая пошлина будет оплачена на реквизиты уполномоченного органа исполнительной власти субъекта РФ. При этом в разных заявлениях нужно указать разные фактические адреса данных площадок. Резюмируя, скажем, что никаких формальных причин к отказу в том, чтобы вам в Росприроднадзоре выдали разрешение только на одну площадку, чтобы впоследствии получить разрешение на вторую площадку отдельно в другом органе власти, фактически нет. При условии того, что инспекторы правильно поймут вашу ситуацию, все документы будут верно заполнены и оформлены, получить разрешение на одну площадку вполне возможно. Однако все же рекомендуем упростить ситуацию и разработать два отдельных тома проекта ПДВ для каждой площадки отдельно и получить два отдельных приказа, один из которых сразу с разрешением.