Здравствуйте, Елена!

Если в настоящее время Ваш объект, по которому должна быть проведена актуализация сведений, находиться в региональном реестре (по факту, Вы это можете проверить сами), то целесообразно направить заявление об актуализации сведений в соответствующий региональный орган исполнительной власти, при этом укажите, что т.к. у Вас есть объекты федерального надзора (такие-то коды), то в соответствии с п.4 ст. 65 Федерального закона от 10.01.2002 N 7-ФЗ "Об охране окружающей среды" при осуществлении юридическим лицом деятельности с использованием объектов, которые оказывают негативное воздействие на окружающую среду и хотя бы один из которых подлежит федеральному государственному экологическому контролю (надзору), в отношении всех таких объектов и таких юридического лица или индивидуального предпринимателя осуществляется федеральный государственный экологический контроль (надзор), Ваш объект подлежит федеральному надзору и Вы просите передать его и заявку в РПН.

Если уже подали заявку в РПН, то дождитесь официального отказа и вместе с ним подайте заявление регионалам. Контролировать все Ваши объекты должен Росприроднадзор. Риски у Вас только, что могут прийти регионалы с контролем, но вы можете отменить проверку или обжаловать результаты, также есть риск, что не получив те же отчеты по ПЭК регионалы по умолчанию привлекут по 8.5 КоАП РФ, но это тоже можно обжаловать, если отчет своевременно подан (есть такая суд. практика Постановление Одиннадцатый арбитражный апелляционный суд (11 ААС) от 16 сентября 2021 г. по делу № А65-30768/2020)

Согласно ныне действующим правилам создания и ведения государственного реестра объектов, оказывающих негативное воздействие на окружающую среду, утв. Постановлением Правительства РФ от 23.06.2016 N 572:

21. В случае если при рассмотрении заявки о постановке объекта на учет территориальным органом Федеральной службы по надзору в сфере природопользования установлено, что объект подлежит внесению в региональный реестр, заявка в электронном виде с использованием средств государственного реестра направляется в течение 5 рабочих дней со дня регистрации в соответствующий орган исполнительной власти субъекта Российской Федерации с уведомлением юридического лица, индивидуального предпринимателя, направивших заявку, о ее переадресации.

22. В случае если при рассмотрении заявки о постановке объекта на учет органом исполнительной власти субъекта Российской Федерации установлено, что объект подлежит внесению в федеральный реестр, заявка в электронном виде с использованием средств государственного реестра направляется в течение 5 рабочих дней со дня регистрации в соответствующий территориальный орган Федеральной службы по надзору в сфере природопользования с уведомлением юридического лица, индивидуального предпринимателя, направивших заявку, о ее переадресации.

Аналогичные пункты (30, 31) содержат новые правила гос. учета ОНВ, утв. Постановлением Правительства РФ от 07.05.2022 № 830, которое вступают в силу 01.09.2022. Также согласно п. 36 новых правил при включении сведений об объекте в федеральный государственный реестр в случае, предусмотренном пунктом 4 статьи 65 Федерального закона "Об охране окружающей среды", территориальный орган Федеральной службы по надзору в сфере природопользования в течение 10 рабочих дней с использованием средств государственного реестра информирует органы исполнительной власти субъекта Российской Федерации о включении сведений об объекте в федеральный государственный реестр.

Учетные сведения об объектах, подлежащих федеральному государственному экологическому контролю (надзору) в случае, предусмотренном пунктом 4 статьи 65 Федерального закона "Об охране окружающей среды", включенные в региональный государственный реестр, в электронном виде с использованием средств государственного реестра направляются органом исполнительной власти субъекта Российской Федерации в территориальный орган Федеральной службы по надзору в сфере природопользования для включения в федеральный государственный реестр в течение 30 дней со дня возникновения оснований для включения сведений об объектах в федеральный государственный реестр.

В случае утраты оснований для отнесения объектов к объектам, подлежащим федеральному государственному экологическому контролю (надзору), предусмотренных пунктом 4 статьи 65 Федерального закон "Об охране окружающей среды", учетные сведения о таких объектах, включенные в федеральный государственный реестр, в электронном виде с использованием средств государственного реестра в течение 30 дней со дня утраты оснований для включения сведений о таких объектах в федеральный государственный реестр направляются территориальным органом Федеральной службы по надзору в сфере природопользования в орган исполнительной власти субъекта Российской Федерации для включения в региональный государственный реестр.

Включение (исключение) сведений об объектах в федеральный государственный реестр осуществляется в течение 5 рабочих дней со дня получения сведений, указанных в абзацах втором и третьем настоящего пункта.