Здравствуйте, Ирина!

К сожалению само Постановление Правительства Российской Федерации от 31.12.2020 № 2398 "Об утверждении критериев отнесения объектов, оказывающих негативное воздействие на окружающую среду, к объектам I, II, III и IV категорий" не содержит ни каких переходных положений и указаний по тому как проводить актуализацию категории в случае исключительно только изменений Критериев.
Согласно п.6 ст. 69.2 Федерального закона от 10.01.2002 N 7-ФЗ "Об охране окружающей среды" сведения об объектах, оказывающих негативное воздействие на окружающую среду, подлежат актуализации в совершенно определенных случаях (смена хозяйствующего субъекта, смена сведений в ЕГРЮЛ/ЕГРИП, изменение места нахождения объекта, изменение характеристик технологических процессов основных производств, источников загрязнения окружающей среды, характеристик технических средств по обезвреживанию выбросов, сбросов загрязняющих веществ, технологий использования, обезвреживания и размещения отходов производства и потребления).
Такого повода к актуализации как смена критериев в 7 ФЗ не указано.

В Административном регламенте предоставления государственной услуги по государственному учету объектов, оказывающих негативное воздействие на окружающую среду, подлежащих федеральному государственному экологическому надзору, утв. Приказом Федеральной службы по надзору в сфере природопользования от 06.02.2020 N 104, также не установлена процедура смены категории на основании изменения Критериев.

Форма заявки на постановку на гос.учет и правила гос.учета объектов остались без изменений (см. Приказ Минприроды России от 23.12.2015 N 554 "Об утверждении формы заявки о постановке объектов, оказывающих негативное воздействие на окружающую среду, на государственный учет, содержащей сведения для внесения в государственный реестр объектов, оказывающих негативное воздействие на окружающую среду, в том числе в форме электронных документов, подписанных усиленной квалифицированной электронной подписью" и Постановление Правительства РФ от 23.06.2016 N 572 Об утверждении Правил создания и ведения государственного реестра объектов, оказывающих негативное воздействие на окружающую среду").

Согласно Правилам (см. п. 29) именно при актуализации учетных сведений об объекте на основании поступивших сведений может быть изменена категория объекта в зависимости от уровня негативного воздействия на окружающую среду и (или) может быть принято решение о включении (исключении) объекта в перечень объектов, подлежащих федеральному государственному экологическому надзору.

Т.е. пока Вы не подадите заявку на актуализацию сведений, категорию не поменяют, а оснований для актуализации формально нет.
В любом случае я считаю, что заявку на актуализацию направить надо и попытаться сделать все от Вас зависящее, но т.к. формально закон не нарушен, то привлечение к ответственности за не своевременную актуализацию сведений не возможно.
Также имейте ввиду, что на сайте проектов НПА, размещен для публичного обсуждения (заканчивается сегодня 23 марта 2021 г.) Проект постановления Правительства РФ "О внесении изменений в отдельные акты Правительства Российской Федерации», в частности в ПП РФ от 31.12.2020 № 2398 "Об утверждении критериев отнесения объектов, оказывающих негативное воздействие на окружающую среду, к объектам I, II, III и IV категорий" https://regulation.gov.ru/projects#npa=113736, которым предусматривается в т.ч. актуализация сведений при изменении Критериев.

В общем, делаем все, что можем и ждем соответствующих изменений.