Здравствуйте, Светлана!

В досудебном порядке оспорить предписание можно в течении 15 дней (ч. 12 ст. 16 Федерального закона от 26.12.2008 N 294-ФЗ "О защите прав юридических лиц и индивидуальных предпринимателей при осуществлении государственного контроля (надзора) и муниципального контроля") с даты получения акта проверки (Вы можете направить тер.орган Росприроднадзора свои возражения, однако, Росприроднадзор имеет право никак на них не реагировать, но в суде будет полезным).

Обратиться в суд можно в течении 3 месяцев с даты получения акта проверки, так согласно п. 4 ст. 198 Арбитражного процессуального кодекса Российской Федерации" от 24.07.2002 N 95-ФЗ:

Заявление может быть подано в арбитражный суд в течение трех месяцев со дня, когда гражданину, организации стало известно о нарушении их прав и законных интересов, если иное не установлено федеральным законом (иное не установлено). Пропущенный по уважительной причине срок подачи заявления может быть восстановлен судом.