Здравствуйте, Alex!

В соответствии с п. 4 ст. 16.4 Федерального закона от 10.01.2002 N 7-ФЗ "Об охране окружающей среды" (ред. от 27.12.2019):

Лица, обязанные вносить плату, вправе выбрать один из следующих способов определения размера квартального авансового платежа для каждого вида негативного воздействия на окружающую среду, за которое взимается плата:

1) в размере одной четвертой части суммы платы за негативное воздействие на окружающую среду, подлежащей уплате (с учетом корректировки размера платы, осуществляемой в соответствии с пунктами 10 - 12.1 статьи 16.3 настоящего Федерального закона) за предыдущий год;

2) в размере одной четвертой части суммы платы за негативное воздействие на окружающую среду, при исчислении которой платежная база определяется исходя из объема или массы выбросов загрязняющих веществ, сбросов загрязняющих веществ в пределах нормативов допустимых выбросов, нормативов допустимых сбросов, временно разрешенных выбросов, временно разрешенных сбросов, лимитов на размещение отходов производства и потребления;

3) в размере, определенном путем умножения платежной базы, которая определена на основе данных производственного экологического контроля об объеме или о массе выбросов загрязняющих веществ, сбросов загрязняющих веществ либо об объеме или о массе размещенных отходов производства и потребления в предыдущем квартале текущего отчетного периода, на соответствующие ставки платы за негативное воздействие на окружающую среду с применением коэффициентов, установленных статьей 16.3 настоящего Федерального закона.

Других вариантов в настоящее время нет, Вы не можете самостоятельно принять решение о зачете и не вносить авансовые платежи с учетом наличия переплаты.

При этом выбранный способ определения размера квартального авансового платежа на год, следующий за отчетным периодом, по каждому виду негативного воздействия на окружающую среду указывается лицами, обязанными вносить плату, в составе декларации о плате за негативное воздействие на окружающую среду за отчетный период.

Таким образом, если Вы уже внесли авансовые платежи за 1 квартал, определенные одним из трех указанных выше вариантов и уведомили Росприроднадзор о выбранном способе определения авансовых платежей, то Вы должны использовать этот способ при определении платежей за 2 квартал. Если вдруг не внесли за первый квартал авансы, то определяйте способ определения авансов сейчас, по варианту по которому получается наименьший платеж.